嵊泗县海域水产资源丰富，有鱼类96种，虾类19种，蟹类15种，海藻类118种，还有软体动物及贝类。

鱼类资源主要有：带鱼、大黄鱼、小黄鱼、银鲳、乌鲳、燕尾鲳、海鳗、星鳗、鳓鱼、鱼免   鱼、鲻鱼、黄姑鱼、石斑鱼、鲨鱼、马鲛鱼、舌鳎鱼、鲥鱼、鲐鱼、鲷鱼、东方鱼屯、鲈鱼、遮目鱼、红娘鱼、虎鱼、鱼安  鱼康、龙头鱼、梅童、凤鲚、刀鲚、棱鱼是、斑鱼祭 等。

    虾类资源主要有：周氏新对虾、细巧仿对虾、哈氏仿对虾、须赤虾、中华管鞭虾、中国毛虾、日本毛虾、日本鼓虾、海蜇虾、安氏白虾、脊尾白虾等。

蟹类资源主要有：三疣梭子蟹、远海梭子蟹、红星梭子蟹、东方大面蟹、日本近方蟹、中华近方蟹、掌痕沙蟹等。

据县水产局调查资料，岩礁上贝类数量平均433.02个/平方米，生物量平均达132.58毫克/平方米。

软体动物资源主要有：乌贼、鱿鱼、章鱼、条纹隔贻贝、厚壳贻贝、紫贻贝、笠贝、龟甲、褶牡蛎、红条毛映石鳖、朝鲜鲍带、石鳖、绣凹螺、荔枝螺、短尾顶螺、日本菊花螺，齿纹蜒螺、丽核螺、蝾螺，光滑兰哈、彩虹明樱蛤、中国不等蛤、杂色哈、毛蚶、青蚶、蛏子、海蜇、海葵、珊瑚、藤壶、海胆、海星、海绵等。

本县海域有海藻118种，其中绿藻类23种，褐藻类24种，红灌类69种和蓝藻类2种。主要优势种是浒苔、蛎菜、孔石纯、裙带、紫菜、海萝等。